부설연구소 설립 시 반드시 피해야 할 행정 실수 Top 7 (2025년 중소 반도체 기업 기준)

반도체 산업은 기술 집약도가 높은 만큼, 중소기업이 경쟁력을 확보하려면 연구개발 기반을 자체적으로 구축하는 것이 필수적이다. 이에 따라 기업부설연구소 설립은 기술 내재화와 정부 R&D 지원, 세액공제 확보를 위한 중요한 전략이 되고 있다. 그러나 막상 설립 신청을 진행하면서 절차나 요건에 대한 오해, 혹은 행정적인 준비 부족으로 인해 인정이 반려되는 사례가 매년 반복되고 있다. 특히 중소기업일수록 인력과 경험이 부족해 작은 행정 실수가 설립 전체를 무산시키는 리스크로 이어질 수 있다. 이 글에서는 2025년 기준, 실제 부설연구소 설립 심사에서 자주 발생하는 행정 실수 7가지를 사례와 함께 정리하고, 이를 예방하기 위한 구체적인 실무 대응 전략을 제시한다.

 

 

1. 조직도에 부설연구소 미기재 – 기본 중의 기본 실수

KOITA(한국산업기술진흥협회)에 부설연구소를 신청할 때, 가장 먼저 확인하는 문서가 바로 조직도다. 그런데 놀랍게도 상당수 기업들이 조직도에 ‘부설연구소’를 명시하지 않은 채 신청서를 제출한다. 이는 심사 초기 단계에서 ‘기본 요건 미비’로 간주되어 자동 반려될 수 있는 대표적인 행정 실수다. 부설연구소는 단순한 팀이나 파트 개념이 아니라, 독립된 부서 단위의 정식 조직으로 인정되어야 한다. 따라서 조직도에는 ‘연구소’ 또는 ‘부설연구소’가 명시돼 있어야 하며, 연구소장, 연구책임자, 연구원 등의 직책 체계도 함께 포함되어야 한다. 조직도는 단순 문서지만, 해당 기업이 연구소를 공식적인 조직으로 인식하고 있는지를 판단하는 핵심 근거가 되기 때문에 매우 중요하다.

 

2. 전담 연구인력의 겸직 또는 상근 요건 미충족

부설연구소 인정에서 가장 중요한 인적 요건은 ‘전담 연구인력의 상근 여부’다. 많은 중소 반도체 기업들이 한 명의 인력이 여러 부서를 겸직하게 되는 구조를 갖고 있다. 하지만 부설연구소는 최소 1명 이상의 전담 연구인력이 100% 연구 업무에만 종사해야 하며, 다른 부서의 겸직은 철저히 금지된다. 특히 KOITA는 4대 보험 가입 이력, 급여 지급 내역, 업무 분장표 등을 통해 실제 상근 여부를 엄격히 검토한다. 예를 들어, 생산부서와 연구소를 동시에 겸임한 흔적이 있는 경우, 아무리 고급 인력이라도 인정되지 않는다. 또한, 연구인력의 전공과 연구 주제 간의 적합성도 중요한 심사 요소이므로, 무작정 인력을 등록하기보다는 전문성과 업무일치성을 기준으로 배치해야 한다.

 

3. 공간 요건 충족 미비 – 임시 공간으로 대체 시 거절 가능성

부설연구소는 반드시 독립된 전용 공간을 갖추고 있어야 한다. 그러나 일부 기업에서는 회의실, 창고, 공용 공간 등을 임시로 꾸며서 신청에 활용하는 사례가 있다. 심사 시 이런 공간들은 ‘연구에 적합하지 않은 환경’으로 판단되어 거절될 수 있다.

공간은 실제 연구 활동이 가능한 구조여야 하며, 출입 통제 가능성, 연구 장비 배치, 연구 일지 보관 공간, 관련 문서 정리 공간 등이 갖춰져 있어야 한다. 특히 반도체 기업의 경우, 실험 장비, 측정기기, ESD 방지 장치 등의 여부도 평가에 영향을 미친다. 따라서 물리적 공간 구성은 신청 전부터 체계적으로 준비해야 하며, 사진만으로 판단하지 않기 때문에 현장 실사에도 대비한 실질적인 공간 구성이 필수다.

4. 연구개발 계획서가 추상적이거나 실현 가능성이 없음

연구소 신청 시 가장 핵심 문서 중 하나는 ‘연구개발 계획서’이다. 그러나 일부 기업들은 해당 문서를 인터넷 자료를 그대로 복사하거나, 내용이 너무 추상적이어서 실질적인 기술개발 계획으로 보기 어려운 수준으로 제출하는 경우가 많다.

예를 들어, ‘AI 기반 반도체 공정 최적화’라는 주제를 내세우면서도 구체적인 개발 일정, 투입 인력, 기대 성과가 제시되지 않은 경우, 해당 계획은 실현 가능성 없음으로 평가받아 반려될 수 있다. 연구계획서는 단순히 작성하는 형식 문서가 아니라, 연구소의 목적과 전략을 설명하는 가장 중요한 자료다. 따라서 연구 목표, 추진 일정, 방법론, 예상 문제점, 해결 전략, 성과 활용 방안 등을 구체적으로 기술해야 한다.

 

5. 회계자료 및 예산 분리가 되지 않은 경우

부설연구소는 연구개발 활동이 재무적으로도 독립된 단위로 운영되어야 한다. 하지만 많은 중소기업은 회계 관리가 단일화되어 있어, 연구소 운영비용과 본사 운영비용이 혼재되어 있는 경우가 많다. 이는 KOITA 심사 시 ‘운영의 독립성’ 부족으로 판단되어 부정적인 영향을 줄 수 있다. 특히 연구소 인건비, 장비 구입비, 소모품비, 외부 용역비 등이 별도의 회계 계정으로 분리되어 있지 않다면, 연구소가 독립적으로 운영되고 있다는 점을 증빙하기 어렵다. 연구소 운영 전용 예산 항목을 설정하고, 이에 따라 지출 내역을 정리하는 것이 바람직하며, 연구비 사용 내역은 분기별 또는 연간 보고서 형태로 관리하는 것이 좋다.

 

6. 사업자등록증 상 부설연구소 주소 미기재

의외로 자주 발생하는 실수 중 하나가, 사업자등록증 상 연구소 주소가 누락된 경우다. KOITA 심사에서는 부설연구소가 실제 법적으로 등록된 사업장인지 여부를 확인하기 때문에, 사업자등록 상 본사와 별도로 연구소 주소를 추가 등록해야 한다.

연구소가 본사와 동일한 주소일 경우라도, 사업자등록증 내 '부설연구소' 항목을 명확히 기재하지 않으면, ‘형식적 조직’으로 간주되어 심사 통과가 어려워진다. 특히, 간이 과세자 또는 개인사업자의 경우, 연구소 추가 등록 자체가 누락되기 쉽기 때문에 국세청 홈택스 또는 세무사를 통해 미리 정리해둘 필요가 있다.

 

7. 실사 대응 미흡 – 당일 인력 부재, 문서 누락 등

현장 실사는 심사 과정에서 핵심적인 단계다. 그런데 실사 당일 연구 인력이 부재하거나, 제출한 서류와 공간이 불일치하는 경우, 심사 자체가 무산될 수 있다. 일부 기업에서는 실사를 ‘형식적 방문’으로 생각하고 준비 없이 대응하는데, 이는 치명적인 실수다.

실사 당일에는 연구소 전담 인력이 반드시 출근해 있어야 하며, 연구일지, 장비 목록, 연구계획서, 과제 수행 기록 등 관련 문서도 현장에서 직접 제시할 수 있어야 한다. KOITA 실사위원은 간단한 인터뷰와 함께 공간 구성, 인력 배치, 업무 흐름 등을 점검하므로, 사전에 실사 대응 매뉴얼을 작성해 두고 리허설을 진행하는 것이 좋다.

 

 

부설연구소 설립은 기술 중심의 프로젝트로 보이지만, 실질적으로는 행정 절차의 완성도가 성공을 좌우한다. 특히 중소 반도체 기업처럼 인력과 리소스가 부족한 곳에서는, 아주 작은 실수가 승인 실패로 이어질 수 있기 때문에, 사전 준비와 검토가 무엇보다 중요하다. 이 글에서 정리한 7가지 행정 실수는 실제 심사에서 매우 자주 등장하는 이슈들이며, 이를 철저히 대비한다면 부설연구소 설립의 승인 가능성은 크게 높아질 것이다. 정확한 서류 준비와 조직적 운영 구조가 갖춰질 때, 기술개발의 진정성도 인정받을 수 있다는 점을 반드시 기억해야 한다.